Универзитет у Источном Сарајеву, под именом Универзитет у Сарајеву Републике Српске, основан је 14. септембра 1992. године одлуком Народне скупштине Републике Српске.
Наставни процес на Универзитету у Источном Сарајеву започео је у октобру академске 1993/94 године на првих пет факултета.
Универзитету у Сарајеву Републике Српске је 1992. године назив измијењен у Универзитет у Српском Сарајеву који носи све до 2006. године.
У складу са Болоњским процесом, чија је примјена почела 2006. године, Универзитет је преименован у Универзитет у Источном Сарајеву и од академске 2007/08. године представља интегрисани универзитет са статусом правног лица и у свом саставу има 17 организационих јединица – 15 факултета и 2 академије који су смјештени у 10 градова.
Универзитет у Источном Сарајеву баштини традицију једне од првих високошколских институција у БиХ – Богословије у Сарајеву која је основана 1882. године и у којој су се, осим богословских, изучавали и световни предмети. Као прва српска висока школа у БиХ, Богословија у Сарајеву представља матицу Универзитета у Источном Сарајеву.
Академске 1993/94. године настава се почиње изводити на Економском факултету и Филозофском факултету у Палама, Медицинском и Стоматолошком факултету у Фочи, Технолошком факултету у Зворнику, Учитељском факултету у Бијељини (данас Педагошком факултету).
Са радом у академској 1994/95. години почињу и Електротехнички и Пољопривредни факултет у Лукавици (данас општина Источно Ново Сарајево), Машински факултет у Вогошћи (касније премјештен у општину Источно Ново Сарајево), Правни факултет у Илиџи (касније премјештен у Пале), Музичка академија у Илиџи (касније премјештена у општину Источно Ново Сарајево), а у Фочи рад започиње и Духовна академија „Светог Василија Острошког“.
Извођење наставе започели су током академске 1995/96. године Академија ликовних умјетности и Факултет за производњу и менаџмент у Требињу, као и Факултет физичке културе (данас Факултет физичког васпитања и спорта) у Палама.
Економски факултет у Брчком почео је извођење наставе током академске 1997/98. године.
Са радом су током академске 2005/2006. године почели и Саобраћајни факултет у Добоју, као и Факултет спољне трговине у Бијељини (данас Факултет пословне економије).
Од 2008. године Стоматолошки факултет трансформисан је у студијски програм Медицинског факултета у Фочи.
Дислоцираност факултета и академија Универзитета у Источном Сарајеву посебна је специфичност овог Универзитета, што пружа могућност младим људима да наставе школовање на овој високошколској установи и без напуштања својих мјеста становања.
Од оснивања Универзитета у Источном Сарајеву, студије је завршило око 18.000 студената.
Функцију ректора Универзитета у Источном Сарајеву обављали су: проф. др Војислав Максимовић (1993 – 2000), проф. др Бориша Старовић (2000 – 2005), проф. др Митар Новаковић (2005 – 2014), проф. др Радослав Грујић (2014 – 2017), проф. др Стево Пашалић (2017 – 2019) и проф. др Милан Кулић (2019 – и даље).
Након оснивања Универзитета у Источном Сарајеву, развој ове високошколске установе помогли су Универзитет у Бањој Луци и универзитети из тадашње Савезне Републике Југославије.