Стратешки циљеви Универзитета су спровођење Болоњског процеса, подизање нивоа квалитета студија, потом учешће у међународним научно-истраживачким пројектима, као и другим типовима пројеката из области високог образовања.
Универзитет у Источном Сарајеву је аутономна, научна, образовна и умјетничка установа, која у свом саставу има петнаест факултета и двије академије умјетности, чији је оснивач Република Српска. Од свог оснивања, Универзитет је окренут ка регионалној и међународној сарадњи, с циљем остварења равноправног партнерства на свим нивоима. Стратешки циљеви Универзитета су спровођење Болоњског процеса, подизање нивоа квалитета студија, потом учешће у међународним научно-истраживачким пројектима, као и другим типовима пројеката из области високог образовања, склапање билатералних Општих и Посебних споразума са универзитетима из земље и свијета, мобилност студената и наставног особља, развој активности везаних за међународне образовне пројекте те чланство у међународним мрежама и институцијама/организацијама.
Наведeни циљеви спроводе се кроз:
- образовну дјелатност
- научно-истраживачку дјелатност
- међународну сарадњу
- издавачку дјелатност
- пружање интелектуалних услуга привредним и јавним установама
- издавање атеста исправности инструмената
- набавку књига, часописа, као и друге стручне литературе, опреме, репроматеријала и резервних дијелова за потребе чланова Универзитета
- управљање пројектима
- координирање активности Универзитета у институцијама / организацијама и мрежама чији је члан
- организација конференција, семинара, радионица на домаћем и међународном нивоу, итд.
Међународни научно-истраживачки пројекти и остали пројеката из подручја високога образовања и мреже, у којима учествује УИС: Tempus, FP7, CEEPUS II, COST, EUREKA, UNESCO, USAID те други типови пројеката из области билатералне сарадње на регионалном, државном и међудржавном нивоу. Универзитет у Источном Сарајеву је чланица више мрежа, асоцијација, институција / организација на домаћем и међународном нивоу – Ректорска конференција БиХ, Европска асоцијација универзитета – EUA, Мрежа агенција за осигурање квалитета у Централној и Источној Европи – CEE, итд. УИС има преко двадесет билатералних споразума, потписаних са универзитетима из земље и иностранства, који регулишу различите типове сарадње, као што је заједнички рад на пројектима који су од заједничког интереса, размјена студената и наставног особља, заједничка издавачка дјелатност, те други облици сарадње у циљу унапрјеђења академске сарадње.