Управни одбор Универзитета
Управни одбор је орган управљања Универзитетом. Управни одбор има 11 чланова и чине га: 5 представника из реда академског особља Универзитета, 4 представника које именује Влада РС, 1 представник студената и 1 представник из реда неакадемског особља Универзитета.
Сенат Универзитета
Сенат је највише академско тијело Универзитета. Уређује питања која се односе на наставно-научни, научно-истраживачки и умјетнички рад. Сенат сачињавају: ректор, проректори, по један члан изабран из реда академског особља са пуним радним временом из сваке Организационе јединице, осим наставника клиничких грана медицине и стоматологије са непуним радним временом из здравстевних установа које су наставна база факултета, затим представници студената сва три циклуса студија и то најмање 15% од укупног броја чланова Сената.
Ректор Универзитета
Ректор руководи радом Универзитета. Мандат ректора траје четири године и може поново бити изабран на исту функцију. За ректора може бити изабран наставник из реда редовних и ванредних професора који су на високошколским установама у радном односу са пуним радним временом. У циљу разматрања и заузимања ставова о питањима из дјелокруга Универзитета ректор образује колегијум. Чланови колегијума су: ректор, проректор за наставу и студентска питања, проректор за научноистраживачки рад, проректор за међууниверзитетску и међународну сарадњу, студент-проректор и генерални секретар.
Проректори Универзитета
Проректоре именује и разрјешава Савјет Универзитета на приједлог Вијећа Универзитета. За проректора може бити изабран наставник из реда редовних и ванредних професора који су на високошколским установама у радном односу са пуним радним временом. За проректора из реда студената може бити изабран студент који има просјечну оцјену најмање 8 (осам) и који није поновио годину у току студија. Студент–проректор присуствује сједницама Управног одбора и Сената Универзитета и заступа права студената.
Секретаријат Универзитета
Секретаријат врши послове преко стручно издиференцираних служби у односу на специфичност послова које обављају. Секретаријатом руководи Генерални секретар Универзитета. Генерални секретар представља Секретаријат, организује рад и обезбијеђује законитост, благовременост, ефикасност и економичност извршавања послова и одлучује о правима радника Секретаријата у првом степену.