Strateški cilјevi Univerziteta su sprovođenje Bolonjskog procesa, podizanje nivoa kvaliteta studija, potom učešće u međunarodnim naučno-istraživačkim projektima, kao i drugim tipovima projekata iz oblasti visokog obrazovanja.
Univerzitet u Istočnom Sarajevu je autonomna, naučna, obrazovna i umjetnička ustanova, koja u svom sastavu ima petnaest fakulteta i dvije akademije umjetnosti, čiji je osnivač Republika Srpska. Od svog osnivanja, Univerzitet je okrenut ka regionalnoj i međunarodnoj saradnji, s cilјem ostvarenja ravnopravnog partnerstva na svim nivoima. Strateški cilјevi Univerziteta su sprovođenje Bolonjskog procesa, podizanje nivoa kvaliteta studija, potom učešće u međunarodnim naučno-istraživačkim projektima, kao i drugim tipovima projekata iz oblasti visokog obrazovanja, sklapanje bilateralnih Opštih i Posebnih sporazuma sa univerzitetima iz zemlјe i svijeta, mobilnost studenata i nastavnog osoblјa, razvoj aktivnosti vezanih za međunarodne obrazovne projekte te članstvo u međunarodnim mrežama i institucijama/organizacijama.
Navedeni cilјevi sprovode se kroz:
- obrazovnu djelatnost
- naučno-istraživačku djelatnost
- međunarodnu saradnju
- izdavačku djelatnost
- pružanje intelektualnih usluga privrednim i javnim ustanovama
- izdavanje atesta ispravnosti instrumenata
- nabavku knjiga, časopisa, kao i druge stručne literature, opreme, repromaterijala i rezervnih dijelova za potrebe članova Univerziteta
- upravlјanje projektima
- koordiniranje aktivnosti Univerziteta u institucijama / organizacijama i mrežama čiji je član
- organizacija konferencija, seminara, radionica na domaćem i međunarodnom nivou, itd.
Međunarodni naučno-istraživački projekti i ostali projekata iz područja visokoga obrazovanja i mreže, u kojima učestvuje UIS: Tempus, FP7, CEEPUS II, COST, EUREKA, UNESCO, USAID te drugi tipovi projekata iz oblasti bilateralne saradnje na regionalnom, državnom i međudržavnom nivou. Univerzitet u Istočnom Sarajevu je članica više mreža, asocijacija, institucija / organizacija na domaćem i međunarodnom nivou – Rektorska konferencija BiH, Evropska asocijacija univerziteta – EUA, Mreža agencija za osiguranje kvaliteta u Centralnoj i Istočnoj Evropi – CEE, itd. UIS ima preko dvadeset bilateralnih sporazuma, potpisanih sa univerzitetima iz zemlјe i inostranstva, koji regulišu različite tipove saradnje, kao što je zajednički rad na projektima koji su od zajedničkog interesa, razmjena studenata i nastavnog osoblјa, zajednička izdavačka djelatnost, te drugi oblici saradnje u cilјu unaprjeđenja akademske saradnje.