Upravni odbor Univerziteta
Upravni odbor je organ upravljanja Univerzitetom. Upravni odbor ima 11 članova i čine ga: 5 predstavnika iz reda akademskog osoblja Univerziteta, 4 predstavnika koje imenuje Vlada RS, 1 predstavnik studenata i 1 predstavnik iz reda neakademskog osoblja Univerziteta.
Senat Univerziteta
Senat je najviše akademsko tijelo Univerziteta. Uređuje pitanja koja se odnose na nastavno-naučni, naučno-istraživački i umjetnički rad. Senat sačinjavaju: rektor, prorektori, po jedan član izabran iz reda akademskog osoblja sa punim radnim vremenom iz svake Organizacione jedinice, osim nastavnika kliničkih grana medicine i stomatologije sa nepunim radnim vremenom iz zdravstevnih ustanova koje su nastavna baza fakulteta, zatim predstavnici studenata sva tri ciklusa studija i to najmanje 15% od ukupnog broja članova Senata.
Rektor Univerziteta
Rektor rukovodi radom Univerziteta. Mandat rektora traje četiri godine i može ponovo biti izabran na istu funkciju. Za rektora može biti izabran nastavnik iz reda redovnih i vanrednih profesora koji su na visokoškolskim ustanovama u radnom odnosu sa punim radnim vremenom. U cilju razmatranja i zauzimanja stavova o pitanjima iz djelokruga Univerziteta rektor obrazuje kolegijum. Članovi kolegijuma su: rektor, prorektor za nastavu i studentska pitanja, prorektor za naučnoistraživački rad, prorektor za međuuniverzitetsku i međunarodnu saradnju, student-prorektor i generalni sekretar.
Prorektori Univerziteta
Prorektore imenuje i razrješava Savjet Univerziteta na prijedlog Vijeća Univerziteta. Za prorektora može biti izabran nastavnik iz reda redovnih i vanrednih profesora koji su na visokoškolskim ustanovama u radnom odnosu sa punim radnim vremenom. Za prorektora iz reda studenata može biti izabran student koji ima prosječnu ocjenu najmanje 8 (osam) i koji nije ponovio godinu u toku studija. Student–prorektor prisustvuje sjednicama Upravnog odbora i Senata Univerziteta i zastupa prava studenata.
Sekretarijat Univerziteta
Sekretarijat vrši poslove preko stručno izdiferenciranih službi u odnosu na specifičnost poslova koje obavljaju. Sekretarijatom rukovodi Generalni sekretar Univerziteta. Generalni sekretar predstavlja Sekretarijat, organizuje rad i obezbijeđuje zakonitost, blagovremenost, efikasnost i ekonomičnost izvršavanja poslova i odlučuje o pravima radnika Sekretarijata u prvom stepenu.