Univerzitet u Istočnom Sarajevu, pod imenom Univerzitet u Sarajevu Republike Srpske, osnovan je 14. septembra 1992. godine odlukom Narodne skupštine Republike Srpske.
Nastavni proces na Univerzitetu u Istočnom Sarajevu započeo je u oktobru akademske 1993/94 godine na prvih pet fakulteta.
Univerzitetu u Sarajevu Republike Srpske je 1992. godine naziv izmijenjen u Univerzitet u Srpskom Sarajevu koji nosi sve do 2006. godine.
U skladu sa Bolonjskim procesom, čija je primjena počela 2006. godine, Univerzitet je preimenovan u Univerzitet u Istočnom Sarajevu i od akademske 2007/08. godine predstavlja integrisani univerzitet sa statusom pravnog lica i u svom sastavu ima 17 organizacionih jedinica – 15 fakulteta i 2 akademije koji su smješteni u 10 gradova.
Univerzitet u Istočnom Sarajevu baštini tradiciju jedne od prvih visokoškolskih institucija u BiH – Bogoslovije u Sarajevu koja je osnovana 1882. godine i u kojoj su se, osim bogoslovskih, izučavali i svetovni predmeti. Kao prva srpska visoka škola u BiH, Bogoslovija u Sarajevu predstavlja maticu Univerziteta u Istočnom Sarajevu.
Akademske 1993/94. godine nastava se počinje izvoditi na Ekonomskom fakultetu i Filozofskom fakultetu u Palama, Medicinskom i Stomatološkom fakultetu u Foči, Tehnološkom fakultetu u Zvorniku, Učiteljskom fakultetu u Bijeljini (danas Pedagoškom fakultetu).
Sa radom u akademskoj 1994/95. godini počinju i Elektrotehnički i Poljoprivredni fakultet u Lukavici (danas opština Istočno Novo Sarajevo), Mašinski fakultet u Vogošći (kasnije premješten u opštinu Istočno Novo Sarajevo), Pravni fakultet u Ilidži (kasnije premješten u Pale), Muzička akademija u Ilidži (kasnije premještena u opštinu Istočno Novo Sarajevo), a u Foči rad započinje i Duhovna akademija „Svetog Vasilija Ostroškog“.
Izvođenje nastave započeli su tokom akademske 1995/96. godine Akademija likovnih umjetnosti i Fakultet za proizvodnju i menadžment u Trebinju, kao i Fakultet fizičke kulture (danas Fakultet fizičkog vaspitanja i sporta) u Palama.
Ekonomski fakultet u Brčkom počeo je izvođenje nastave tokom akademske 1997/98. godine.
Sa radom su tokom akademske 2005/2006. godine počeli i Saobraćajni fakultet u Doboju, kao i Fakultet spoljne trgovine u Bijeljini (danas Fakultet poslovne ekonomije).
Od 2008. godine Stomatološki fakultet transformisan je u studijski program Medicinskog fakulteta u Foči.
Dislociranost fakulteta i akademija Univerziteta u Istočnom Sarajevu posebna je specifičnost ovog Univerziteta, što pruža mogućnost mladim ljudima da nastave školovanje na ovoj visokoškolskoj ustanovi i bez napuštanja svojih mjesta stanovanja.
Od osnivanja Univerziteta u Istočnom Sarajevu, studije je završilo oko 18.000 studenata.
Funkciju rektora Univerziteta u Istočnom Sarajevu obavlјali su: prof. dr Vojislav Maksimović (1993 – 2000), prof. dr Boriša Starović (2000 – 2005), prof. dr Mitar Novaković (2005 – 2014), prof. dr Radoslav Grujić (2014 – 2017), prof. dr Stevo Pašalić (2017 – 2019) i prof. dr Milan Kulić (2019 – i dalje).
Nakon osnivanja Univerziteta u Istočnom Sarajevu, razvoj ove visokoškolske ustanove pomogli su Univerzitet u Banjoj Luci i univerziteti iz tadašnje Savezne Republike Jugoslavije.