Ректор руководи, заступа и представља Универзитет. Ректора бира Сенат Универзитета из реда редовних професора у радном односу са пуним радним временом на Универзитету. Ректор се бира на период од четири године, са могућношћу једног поновног избора. Ради разматрања и заузимања ставова о питањима из дјелокруга Универзитета, ректор образује Колегијум и Проширени колегијум. Чланови Колегијума су: ректор, проректори, генерални секретар, финансијски директор Универзитета и представник студентског представничког тијела Универзитета. Проширени колегијум, поред чланова ректорског Колегијума, чине предсједник Управног одбора, декани факултета и академије и директори института.
Проф. др Милан Кулић
Ректор Универзитета у Источном Сарајеву
Дужност ректора Универзитета у Источном Сарајеву званично је преузео проф. др Милан Кулић који је једногласно изабран на сједници Сената одржаној 5. јуна 2019. Проф. др Милан Кулић изабран је на мандатни период од четири године и шести је по реду ректор Универзитета у Источном Сарајеву.
Проф. др МИЛАН Р. КУЛИЋ, доктор биолошких наука, рођен je 6. јула 1962. године у Јошаници, општина Фоча. Основну и средњу медицинску школу завршио је у Фочи. Дипломирао је на Природно-математичком факултету Универзитета у Сарајеву, Одсјек за биологију. Дипломски рад под називом „Проучавање генотоксичних ефеката пестицида Acetellicа 50 i Stompa 330-E у ћелијама коријена лука“, одбранио је 1989. године.
Последипломске студије из научне области Генетика уписао је 1996. године на Факултету ветеринарске медицине Универзитета у Београду, а Магистарску тезу „Испитивање цитотоксичног и генотоксичног деловања levamizola in vivo“, одбранио је 1999. године.
Докторску дисертацију из научне области Генетика „Испитивање генотоксичног потенцијала dicikloheksylamina in vivi и in vitrо“, одбранио је 2006. године на Природно-математичком факултету Универзитета у Бањој Луци.
Универзитетску каријеру започео је на Медицинском и Стоматолошком факултету у Фочи, Универзитета у Сарајеву Републике Српске, гдје је 1993. године изабран за сарадника на предмету Биологија са хуманом генетиком. У звање асистента изабран је 1997. године, а у звање вишег асистента на истом предмету изабран је 1999. године на Медицинском факултету у Србињу, Универзитета у Српском Сарајеву.
У наставничко звање доцента на предмету Хумана генетика изабран је 2006. године на Медицинском факултету у Фочи, Универзитета у Источном Сарајеву, на којем је 2011. године изабран у звање ванредног професора а 2017. године у звање редовног професора.
Био је продекан за наставу Медицинског факултета у Фочи, Универзитета у Источном Сарајеву од 2006-2012 године.
За декана Медицинског факултета у Фочи, Универзитета у Источном Сарајеву биран је у два мандата, од 2012-2019. године.
Био је члан Сената Универзитета у Источном Сарајеву од 2007-2012. године.
Научно-истраживачки рад професора Кулића везан је за област генотоксикологије, онкогенетике и генетике хендикепа. Објавио је више радова, од којих и радове објављени у међународним часописима на SCI листи, монографије и поглавља у монографијама, као и уџбрник из Хумане генетике. Учествовао је у више националних и међународних пројеката.
Добитник је Повеље Универзитета у Истоном Сарајеву за нарочите заслуге и изузетан допринос развоју Универзитета, и за изузетна достигнућа у наставно- научној, културној и другим дјелатностима Универзитета.